ปี พ.ศ.2538  กรมส่งเสริมการเกษตร ได้ให้ความสำคัญกับงานป้องกันและกำจัดศัตรูพืช โดยเน้นงานด้านป้องกันและกำจัดศัตรูพืช โดยชีววิธี จึงตั้ง "ศูนย์พัฒนาการบริหารศัตรูพืชโดยชีววิธีสงขลา" ขึ้น เป็นหน่วยงานภายใน ตามคำสั่งที่กรมส่งเสริมการเกษตร ที่ 1132/2538 ลงวันที่ 13 กรกฎาคม 2538  ซึ่งมี  นายอนันต์ ดาโลดม ดำรงตำแหน่ง อธิบดีกรมส่งเสริมการเกษตร มีจำนวน 9 ศูนย์ ทั่วประเทศ โดยให้ใช้ที่ทำการของหน่วยป้องกันและกำจัดศัตรูพืชเดิม เป็นที่ตั้ง โดยมี สถาบันพัฒนาการบริหารศัตรูพืชโดยชีววิธี กรมส่งเสริมการเกษตร ซึ่งเป็นหน่วยงานภายในเช่นกัน เป็นผู้กำกับดูแล

          ปี พ.ศ.2539  กรมส่งเสริมการเกษตร ได้มีการเปลี่ยนชื่อศูนย์เป็น "ศูนย์บริหารศัตรูพืชโดยชีววิธีสงขลา" โดยเปลี่ยนทั้ง 9 ศูนย์ ตามคำสั่งกรมส่งเสริมการเกษตร ที่ 37/2539 ลงวันที่ 18 มกราคม 2539   ซึ่งมีนายเพชรรัตน์ วรรณภีย์ ดำรงตำแหน่ง อธิบดีกรมส่งเสริมการเกษตร 

          ปี พ.ศ.2542  กรมส่งเสริมการเกษตร ได้เพิ่มบทบาทหน้าที่ให้กับศูนย์บริหารศัตรูพืชโดยชีววิธี โดยให้เพิ่มงานด้านการส่งเสริมและถ่ายทอดเทคโนโลยีตามกระบวนการโรงเรียนเกษตรกรในพระราชดำริ ให้ศูนย์เป็นผู้รับผิดชอบและได้เปลี่ยนชื่อศูนย์เป็น"ศูนย์ส่งเสริมเกษตรชีวภาพและโรงเรียนเกษตรกรภาคใต้ตอนล่าง จังหวัดสงขลา"  โดยเปลี่ยนทั้ง 9 ศูนย์ ตามคำสั่งกรมส่งเสริมการเกษตร ที่ 473/2942 
ลงวันที่ 11 พฤษภาคม 2542 ซึ่งมีนายปราโมทย์  รักษาราษฎร์ ดำรงตำแหน่ง อธิบดีกรมส่งเสริมการเกษตร

          ปี พ.ศ.2544  กรมส่งเสริมการเกษตร ได้มีการเปลี่ยนชื่อศูนย์ เป็น “ศูนย์บริหารศัตรูพืชโดยชีวภาพจังหวัดสงขลา" ตามคำสั่งกรมส่งเสริมการเกษตร ที่ 1022/2544 ลงวันที่ 28 กันยายน 2544 ซึ่งมีนายปราโมทย์  รักษาราษฎร์ ดำรงตำแหน่ง อธิบดีกรมส่งเสริมการเกษตร 

          ปี พ.ศ.2545  กรมส่งเสริมการเกษตร ได้มีการปรับเปลี่ยน โดยสร้างระบบบริหารราชการอีกครั้ง ตามนโยบายของรัฐบาล โดยปรับเปลี่ยนทั้งกรมส่งเสริมการเกษตร และประกาศเป็นพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการ พ.ศ.2545 ได้เปลี่ยนชื่อศูนย์ เป็น "ศูนย์บริหารศัตรูพืช จังหวัดสงขลา" โดยมีบทบาทหน้าที่ ด้านการบริหารศัตรูพืช ภายใต้การกำกับดูแลของ สำนักส่งเสริมและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 5 จังหวัดสงขลา กรมส่งเสริมการเกษตร กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ 

          ปี พ.ศ. 2557 กรมส่งเสริมการเกษตรมีคำสั่งปรับปรุงโครงสร้าง และแบ่งงานภายในพื้นที่รับผิดชอบของศูนย์ปฏิบัติการ และได้เปลี่ยนชื่อศูนย์เป็น "ศูนย์ส่งเสริมเทคโนโลยีการเกษตรด้านอารักขาพืช จังหวัดสงขลา" ภายใต้การกำกับดูแลของ สำนักงานส่งเสริมและพัฒนาการเกษตรที่ 5 จังหวัดสงขลา กรมส่งเสริมการเกษตร กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ จนถึงปัจจุบัน

         - พื้นที่เป็นดินคุณภาพต่ำ เนื้อที่ประมาณ 80 ไร่ เป็นพื้นที่ป่าพรุประมาณ 50 ไร่

         - พื้นที่ใช้งานประมาณ 30 ไร่ เป็นที่ตั้งอาคารประมาณ 10 ไร่ พื้นที่สนามและปลูกพืชประมาณ 12 ไร่

         - สระน้ำขนาดประมาณ 8 ไร่ น้ำมีสภาพเป็นกรด

          อาคาร สถานที่ เทคโนโลยี และสิ่งอำนวยความสะดวกในการปฏิบัติงาน ประกอบด้วยอาคารหลัก 6 หลัง

          1) อาคารอำนวยการ

          2) อาคารผลิตขยายพร้อมอุปกรณ์ในการผลิตขยายศัตรูธรรมชาติ

          3) อาคารหอพักขนาด 10 ห้อง

          4) อาคารจอดรถยนต์และรถยนต์ราชการ 4 คัน

          5) โรงสูบน้ำใช้น้ำบาดาลความลึกประมาณ 200 เมตร

          6) ป้อมยาม